Да, если вы списываете бонусы при покупке, на остаток суммы, оплаченной деньгами, также будет начислено 3% бонусами.
Например:
Сумма покупки 5000 рублей Вы списываете 1000 бонусов и оплачиваете 4000 рублей деньгами. На 4000 рублей начисляется 3% бонусами, т.е. за покупку будет начислено 120 бонусов.